كما لها من مميزات فإن التعامل من خلال العملات الرقمية له بعض المخاطر التي تندرج تحت ثلاث فئات:
القيمة الوهمية إذ يرى الكثير من الاقتصاديين والشخصيات المؤثرة أن العملات الرقمية بمعظمها لا تتمتع بقيمة حقيقية، وأنها فقاعة ستنفجر عاجلاً أما آجلاً مسببة لمالكيها خسائر كبيرة، ويدعمون وجهة نظرهم خصوصاً بأن العملات الرقمية -عكس العملات الوطنية- تنشأ من خلال عمليات غير مرتبطة بنشاط اقتصادي حقيقي على أرض الواقع، مما يجعلها عاجزة عن الاتساع والتقلص حسب وضعية الاقتصاد.
انعدام الرقابة والشفافية إذ تعجز الحكومات عن مراقبة الأموال المنقولة باستخدام العملات الرقمية وضبطها ومصادرتها، مما يجعلها وسيلة مثالية لإجراء الصفقات والأنشطة غير المشروعة، مثل: تبييض الأموال، وتجارة المخدرات، وتمويل الإرهاب، وغيرها.
استهلاك الطاقة والنفايات الإلكترونية خصوصاً بالنسبة للعملات التي تستخدم آلية إثبات العمل، إذ يستهلك التعدين والقوة الحاسوبية التي يتطلبها قدراً هائلاً من الطاقة يساوي استهلاك دول بأكملها أحياناً للعملة الواحدة، وغالباً ما يتجه المعدّنون إلى الدول ذات أسعار الطاقة الرخيصة المولّدة بأساليب غير مستدامة (مثل الفحم الحجري)، إضافة إلى حاجة المعدّنين لتحديث أجهزتهم باستمرار والتخلص من الأجهزة القديمة، مما يؤدي إلى توليد نفايات إلكترونية كبيرة.